フィリピン航空は、2013年8月1日予約分より、日本路線における一部の座席の事前予約において、座席指定料金（Choice Economy Seat Surcharge、CESS）を導入する。
＜座席指定料金について＞
フィエスタ（エコノミー）クラスの客室前方にある座席のうち、下記の座席番号を事前に予約する際に、料金を支払う。
機材 （機体記号） 座席番号
B777-300 31A/B/C/D/E/F/G/H/J/K ※
A330-300 31D/E/G/H/K および 32A/C
A340-300 31A/C/D/E/F/G/H/K
B747-400 (RP-C7475) 31A/B/C/H/J/K および 35D/E/F/G
B747-400 (上記以外) 31A/C/D/E/F/G および 32H/J/K
※B777-300型機における31列目の座席は車椅子利用客が優先となるため、搭乗の当日、チェックイン時に当該席に空席がある場合のみ可能。事前予約は不可。
＜路線ごとの金額＞
区 間 日本で支払い フィリピンで支払い
日本路線（日本―フィリピン間） 片道 2,000円 片道 20米ドル
フィリピン国内線 片道 400円 片道 200ペソ
※フィリピン国内線区間においては既に座席指定料金を導入済みである。
＜予約・支払いについて＞
フィリピン航空オンライン予約ウェブサイト、または予約センター（電話、および発券カウンター）にて予約を受ける。予約は当該便の出発予定時刻の48時間前までに行う。 支払いはクレジットカードおよび現金。ただし、オンライン予約ウェブサイトを利用の場合はクレジットカード払いのみとなる。
＜その他＞
下記の顧客は無料で利用できる。
・マブハイマイルのミリオンマイラー資格者
・幼児同伴者（大人1名まで）
・搭乗時に手伝いを必要とする顧客（13年7月16日のフィリピン航空発表より）。
乗客の中には事前に座席予約をしたい人も、このようなサービスは無かったので、このようなサービスも有って良いのだが、国際線で座席指定料が2,000円というのは少し高いと思うのだが、どうだろうか？
ＡＮＡと提携するかも知れないＰＡＬだが、ＡＮＡは予約時ＰＣで座席指定ができるので便利だったが、料金は掛からなかった。