フィリピンにおいてフィリピン航空（ＰＡＬ）を抜く最大の航空会社で、ゴコンウェイ（Gokongwei）家によって経営される「JGサミットホールディングス」の子会社である。ゴコンウェイ家は、フィリピンに拠点を置く行商から成り上がった商売の上手い中国系フィリピン人の富豪である。
セブパシフィック航空を運営しているセブ航空株式会社（Cebu Air, Inc.）は1988年8月26日に設立され、1991年にセブ航空に運航を認める法案が議会で承認された。1996年3月8日に第一便が運航された。
セブ航空はジョン・ゴコンウェイ（John Gokongwei）率いるJGサミット・ホールディングスが所有し、フィリピン政府の規制緩和を受けて国内線市場に参入した会社である。1998年2月の事故の後、しばらく政府の指示により運航を休止したが、翌月には運航を再開させた。
当初はメトロ・マニラ、メトロ・セブ、ダバオの間を結び、一日の便数は２４だったが、2001年末にはフィリピン国内の１８か所に一日８０便を運航させる企業へと成長した。2000年代には国際線参入の認可を得て東南アジアや北東アジアに就航した。最初の国際線は2001年11月22日に就航した香港便であった。
その後の拡大により、フィリピン国内線のほか、インドネシアやマレーシア、シンガポールなど東南アジア諸国のみならず、台湾や韓国など北東アジアの主要都市を中心に５０都市に乗り入れている。2008年11月20日には大阪の関西国際空港に乗り入れ、日本に初就航した。
2014年からは名古屋の中部国際空港へも乗り入れ、セブパシフィック航空は、日本三大都市圏全てに直行路線を持つ事となった。（ウキペディア等より）
セブパシフィック航空はエアバス社製の機材を中心に使用していますが、運行を開始した当初はダグラスDC-9型やボーイング757型など古い機材が多かったです。でも、それらの機材は2006年にすべて運用を終了しています。
2005年からは、エアバスの小型機A319、A320を中心に、中型機のA330、プロペラ機のATR72を使用しています。ですから最も古い機材でも2005年製造で、大手の航空会社であるような２０年近く使っているような機材はありません。2017年にはエアバスの最新鋭機であるA321neoを導入する予定ですし、中型機のA330も増やす計画で、将来的にはヨーロッパ諸国への就航も視野に入れています。
航空運賃も早く買えば安いし、路線も多く便利になり、乗客数の増えてきているが、搭乗手続き等のサービスに関しては不満が多いようだ。